孙亚军教授现为中国矿业大学水利工程学科建设负责人，中国地质学会矿山水防治与利用专业委员会副主任，国际矿井水协会（International Mine Water Association, IMWA）中国国家委员会秘书长，中国煤炭工业安全科学技术学会水害防治委员会委员，国家科技进步奖获得者，国家重点研发项目负责人。
孙亚军老师在中国矿业大学从教30多年以来，在教学和科研工作中始终严格要求自己，坚持教书育人的基本信念，力争做到为人师表，爱岗敬业，忠诚于国家的教育事业。在思想政治、教学科研工作、人才培养等方面充分发挥应有的作用。
在思想政治方面，该同志关注国内外时事，了解国家大政方针。坚决拥护党和国家的各项方针政策，积极参与学校、学院组织的各类政治理论学习，思想上始终与中央保持一致，并能够在教学中结合国家发展和人才需求，融合培养和引导学生树立正确的价值观和人生观。
在本科教学方面，20多年来坚持讲授水文与水资源工程专业特色课程“矿井水害防治”。在教学过程中，注重结合煤矿安全生产中所面临实际问题和相关学科理论发展，帮助学生建立系统、扎实的专业理论基础，使学生能够形成先进和合理的知识结构；特别注重结合大量的矿井水害实际案例分析，通过启发式研讨培养学生独立分析和解决问题的能力，取得了非常好的效果。例如，针对某矿受矿区内地表河流所导致的水害隐患，学生在不断的启发和引导讨论中，提出了多达11种工程治理方案，其中多个方案具有不同程度的创新性。同时，注重发现学生在前期基础专业课程中的知识盲点和短板，以“查缺补漏”为原则，每次发现涉及其它课程相关理论应用的不足，立即展开研讨和讲解，在较大程度上提升了学生在本科阶段的所学专业知识的综合运用能力。在此基础上，所指导的本科毕业设计（论文）多次获得校优和省优毕业设计（论文）。
在研究生教学方面，一直坚持讲授“学科前沿”、“矿井水害防治理论与技术”、“现代水文地质学”、“煤矿水文地质工程地质学”、“地质资源与地质工程科学方法论”等多门课程，教学效果始终获得优良评价。
在科研方面，作为项目负责人主持了国家重点研发计划项目“煤矿区场地地下水污染防控材料与技术”项目，目前已经通过国家科技部21世纪中心组织的中期检查；主持完成了国家973计划项目“煤矿突水机理与防治基础理论研究”和“西部煤炭高强度开采下地质灾害防治与环境保护基础研究”课题2项，获得优秀评价；参加国家重点研发计划项目“矿井水害危险源辨识与动态评价技术”、国家自然基金重点项目、国家自然基金项目、教育部基金重点项目等9项。负责企业委托项目60余项。在矿井突水预测方法、大型地表水体下采煤、超高承压含水层上采煤、西部缺水矿区保水采煤、西部侏罗系煤田水文地质结构特征、矿井水污染防控、矿井“绿色闭坑”等方面取得多项重要研究成果。获得国家级和省部级科技进步奖14项，其中：国家科技进步二等奖1项；省部级一等奖4项、二等奖2项、三等奖7项。出版专著3部，发表学术论文110余篇。
在学科建设方面，负责或参与组织水利工程一级学科硕士点申报，获得批准；参与土木水利专业学位博士点申报，获得批准；参与“水文与水资源工程”本科专业认证，获得顺利通过；参与“水文与水资源工程”申报江苏省一流专业，获得批准。